מעקב גנטי טוב יותר של COVID-19 יעזור לנו לשלוט במגיפה, אומר ארגון הבריאות העולמי

(vchal/iStock/Getty Images)

כדי לעקוב אחר שינויים ב- נגיף קורונה שיכול להגביר את ה מגפה או להפוך את החיסונים ליעילים פחות, מדענים חייבים לרצף את הקוד הגנטי שלו כדי לקטלג מוטציות שעלולות להיות מסוכנות כשהן מופיעות.

אבל כל כך מעט מדינות מבצעות ומשתפות מעקבים עד שמומחים מודאגים מהמוטציות שהם לא יכולים לראות כמו אלה שהם יכולים.

פרסום ה הרצף הגנומי הראשון של SARS-CoV-2 בינואר אשתקד, ממש בתחילת המגיפה, אפשרה למדענים לזהות אותו כנגיף קורונה חדש, ולהתחיל לפתח בדיקות אבחון וחיסונים.



מאז, עשרות אלפי רצפים הועלו במאגרי מידע ציבוריים, המאפשרים לעקוב אחר מוטציות במידת פירוט ובמהירות שלא הושגה מעולם.

אבל חלק הארי של המידע הזה הגיע ממדינה אחת בלבד: בריטניה.

החל מאמצע ינואר, GISAID - פלטפורמת שיתוף נתונים מרכזית שנוצרה במקור לניטור שפעת - קיבלה 379,000 רצפים.

מתוכם, 166,000 היו מבריטניה COVID-19 Genomics בריטניה (COG-UK), שותפות בין רשויות בריאות ומוסדות אקדמיים.

'זו הפעם הראשונה שאנחנו רואים איך פתוגן מתפתח בקנה מידה כזה', אמר יואן האריסון, מנהל אסטרטגיה וטרנספורמציה ב-COG-UK ועמית במכון Wellcome Sanger, שבו מתבצע חלק גדול מהרצף.

'אנחנו לומדים שהמוטציות האלה מצטברות הרבה יותר מהר ממה שחשבנו.'

נכון לעכשיו, התוכנית מסדרת 10,000 גנומים בשבוע - בערך 6% מהמקרים הידועים בבריטניה למרות שזה משתנה - והתוכנית היא להכפיל את זה.

'בריטניה מעיפה את כולם מהמים', אמרה אמה הודקרופט, אפידמיולוגית באוניברסיטת ברן ומפתחת שותפה בנושא פרויקט מעקב וירוס Nextstrain .

'בעיני, זו הייתה יריית הירח של המגיפה, לצד החיסונים'.

דנמרק, היא ציינה, גם מרצפת ומשתפת נתונים באופן שגרתי, אך המידע המגיע מרוב המדינות האחרות הוא ספורדי במקרה הטוב.

ריצוף זיהה גרסאות מובחנות - זנים שרכשו אשכולות של מוטציות חדשות - בבריטניה, דרום אפריקה וברזיל בשבועות האחרונים.

הגרסה החדשה המתפשטת במהירות בבריטניה היא 'כמו מיני-מגיפה בתוך המגיפה', אמר הריסון.

אבל ללא ניטור שיטתי, הוא הוסיף, ייתכן שמדענים עדיין לא הבינו שזהו 'מחליף משחק'.

אזהרה מוקדמת לא עצרה את התפשטות הגרסה - היא זוהתה בעשרות מדינות. אבל זה אפשר לאומות אחרות להתכונן.

ללא האזהרה של מדענים בבריטניה, העולם כנראה היה עף עיוור, אמר הודקרופט.

'אם זה היה מתרחב במדינה אחרת, היינו מסתכלים על איזו מדינה שלא תהיה והולכים: 'אה, יש להם עלייה גרועה במספר המקרים, אני מניחה שאנשים לא פועלים לפי ההנחיות', אמרה ל-AFP. .

וריאנטים אחרים הפכו לגלויים רק כשהם התפשטו בינלאומית מנקודת מוצאם.

מוקדם יותר החודש, למשל, זן חדש - הנושא מוטציה, המכונה E484K, שחוקרים חוששים שיכול לחמוק מחסינות - זוהה ביפן באנשים שמגיעים מברזיל.

'עיניים ואוזניים'

ה ארגון הבריאות העולמי אמר כי קיבולת רצף טובה יותר היא בעדיפות עולמית.

מריה ואן קרכוב, ארגון הבריאות העולמי COVID-19 מוביל טכני, תיאר לאחרונה את מספר הרצפים ששותפו עד כה כ'מדהים', אך אמר שהם מגיעים מקומץ מדינות בלבד.

'שיפור הכיסוי הגיאוגרפי של רצף הוא קריטי כדי שהעולם יהיה בעל עיניים ואוזניים על שינויים ב- נגיף ,' היא אמרה לפורום מקוון.

הנחיות חדשות של ארגון הבריאות העולמי אמרו ש'מהפכה' בחקירה הגנומית של וירוסים סייעה לבנות הבנה טובה יותר של כל דבר אבולה לשפעת.

ועכשיו, נאמר: 'לראשונה, רצף גנומי יכול לעזור להנחות את תגובת בריאות הציבור למגיפה בזמן כמעט אמת.'

כאשר נגיף קורונה אחר, SARS, החל להתפשט בשנת 2002, רק שלושה גרסאות גנום חולקו בפומבי בחודש הראשון, ו-31 בחודש השלישי.

הפעם, שישה גנומים היו זמינים לחוקרים ברחבי העולם כמה שבועות לאחר הופעת הנגיף. בתוך שישה חודשים פורסמו 60,000 גרסאות.

בתחילה, נגיף הקורונה החדש לא הראה גיוון גנטי רב, אמר הודקרופט, אפילו שהוא 'התפוצץ ברחבי אירופה' בעיקר בגלל נסיעות נרחבות.

אבל חוסר המוטציה הזה היה רמז חשוב בפני עצמו.

'הצלחנו לראות שזה באמת נראה שמקורו בסין, כי כל הרצפים האחרים שזוהו ברחבי העולם קיננו בתוך המגוון של הרצפים הסיניים', אמרה ל-AFP.

במהלך קיץ 2020 הופיעו זנים חדשים שהחליפו את הגלגולים המוקדמים יותר של הנגיף.

מוטציות מתעוררות

יש לצפות למוטציות באבולוציה הוויראליתומתרחשים כאשר פתוגן מדביק מישהו ומתחיל לשכפל את עצמו.

רוב הזנים החדשים הללו אינם נותנים יתרון לנגיף, וחלקם אף מזיקים. אבל מדי פעם מוטציה מגבירה את ההדבקה או גורמת למחלה קשה יותר.

SARS-CoV-2 קולט שינויים בקצב איטי יותר מאשר חלק אחר וירוסים , כמו HIV או שפעת. אבל ככל שנגיף מדביק יותר אנשים, כך גדלה ההזדמנות למוטציה.

זה הופך אפילו יותר סביר אצל מישהו עם מחלה כרונית - חשיפה ממושכת למערכת חיסונית מוחלשת נותנת לנגיף יותר זמן לצבור מוטציות מרובות.

הריסון אמר כי ייתכן שכך נוצרה הווריאציה החדשה בבריטניה, וחוקרים מבצעים כעת רצף בדיקות של חולים עם דחיקה חיסונית, כמו גם אנשים שהחיסון שלהם נכשל.

'חזון חדש'

רצף שיטתי ארצי נתן לחוקרים תובנות חדשות לגבי העברה ויראלית.

במקרה אחד, זה עזר לזהות מיניבוס כאשם בהתפרצות של בית חולים.

בקנה מידה רחב יותר, ניתוח של עשרות אלפי רצפי SARS-CoV-2, פורסם ב מַדָע החודש , גילה כי יבוא נסיעות וירוסים בשפע לבריטניה בתחילת ה מגפה זרעו יותר מאלף שושלות שידור.

השלב הבא הוא לבדוק כיצד מוטציות שונות משפיעות על העברה, חומרת המחלה ויעילות החיסון, ולחזות במהירות האפשרית כיצד וריאנט חדש עשוי להתנהג.

ה ארגון הבריאות העולמי אמר רצף גלובלי יעזור 'להבין טוב יותר את עולם הפתוגנים המתעוררים ואת האינטראקציות שלהם עם בני אדם ובעלי חיים במגוון אקלים, מערכות אקולוגיות, תרבויות, סגנונות חיים וביומות'.

'ידע זה יעצב חזון חדש של העולם ויפתח פרדיגמות חדשות במניעה ובקרה של מגיפות ומגפות.'

אבל רצף בקנה מידה מורכב מבחינה לוגיסטית.

'היו שבועות שבהם הדברים לא עבדו כמו שצריך, כי אתה בונה את המערכות מאפס בקצב, באמצע המגיפה', אמר הריסון.

מכון סנגר מאחסן את עשרות אלפי הדגימות שהוא מקבל מדי יום במקפיאים ענקיים של מכולות משלוח ונאלץ לבנות תשתית רובוטית כדי לעזור למיין אותן.

חששות משפטיים גרמו לכך ש-COG-UK החליטה לשתף מידע מינימלי על הרצפים כדי לפרסם אותם, אמר הריסון. הנושא היווה מכשול עבור מדינות אחרות, במיוחד אלו הנשענות על ספקי שירותי בריאות פרטיים שישמרו בעלות על נתונים.

העלויות הן גם אתגר בחלקים רבים של העולם, אבל הודקרופט אמר שלמדינות עשירות יותר כמו ארצות הברית ואלו באירופה אין תירוץ.

'אין סיבה שלא יהיו לנו תגובות רצף מתואמות, חוץ מזה... שלא החלטנו לעשות את זה', אמרה.

©סוכנות המדיה של צרפת

אודותינו

פרסום עובדות עצמאיות ומוכחות של דיווחים על בריאות, מרחב, טבע, טכנולוגיה וסביבה.